长野县八岳连峰未宝岳。长野县警大和敢助在雪山上追赶“某个男人”时，突然有什么人的影子出现在了敢助的视野中。回过神来的瞬间，“某个男人”射出的步枪子弹掠过了敢助的左眼，伴随着地面轰鸣发生了雪崩。敢助就这...

工藤新一变回小孩后成为江户川柯南，寄居在小兰家，与毛利小五郎一起追查黑衣人下落，并与小学生组成的少年侦探团共同对抗罪犯。

虽然他是轰动世界的怪盗，却持有一张写有代码和奇怪台词的告示。

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？